تحور هالوهيدرين ديهالوجيناز حراريًا في البروتينات وأنواع التباين الممكنة

عمر أوزين
عمر أوزين

تفاعلت بعض أجزاء البروتينات مع مواد كيميائية مختلفة وكائنات دقيقة وبعض مشتقات المواد. قام بفحص الطفرة والمتغيرات لهذه الطفرة التي حدثت نتيجة لهذه التفاعلات. نتيجة لأبحاثه ، تفاعل مع هذه الأحداث غير المستكشفة نتيجة دراسات أطروحاته التجريبية والمحاكاة وأخذ العينات مع مجموعات مختلفة من بعض مناطق البروتين.

Ömer UZEN ، باحث وعالم من تركيا ، ساهم في عالم العلوم بهذه الدراسة والاكتشاف.

الهدف الرئيسي من المتحولة الحرارية للهالوهيدرين ديهالوجيناز هو إنشاء متغير قوي من هالوهيدرين ديهالوجيناز يمكن استخدامه بهذه الطريقة. في هذا البحث ، تم استخدام سير العمل الحسابي لتحسين ثبات هالوهيدرين ديهالوجيناز من Agrobacterium Radiobacter ، وهو إنزيم متماثل التماثل من 27 كيلودالتون (kDa) وحدة فرعية قصيرة سلسلة اختزال هيدروجينيز الفائقة. تم استخدامه لهندسة طفرات هالوهيدرين ديهالوجيناز لتحسين الاستقرار في مخاليط المذيبات العضوية المائية. من الممكن دمج الطفرات الوظيفية في متغير واحد لدراسة الطفرات النقطية ، وإزالة الطفرات غير الوظيفية ، وتأكيد الطفرات المختارة ، وإنتاج الإنزيم المطلوب. باستخدام هيكل بلوري 1P × O ، H-he-C ، تم فحص طفرات النقاط المحتملة والتغييرات في الطاقة الحرة القابلة للطي باستخدام FoldX.

عمر أوزين

Halohydrin dehalogenase هو إنزيم يحفز الهالوجين في هالوهيدرينات لإنتاج الإيبوكسيدات المقابلة. في هذه الدراسة ، كان يهدف إلى زيادة القدرة التحفيزية للهالوهيدرين ديهالوجيناز في وجود المذيبات العضوية المشتركة. في هذا السياق ، تم التحقيق في استقرار الطفرات. يعتبر النشاط العالي للإنزيمات واستقرارها مفيدًا جدًا للتطبيقات المختبرية. يمكن استخدام الإنزيمات ذات الثبات الجيد كمحفز جيد في درجات حرارة مرتفعة وفي وجود مذيبات عضوية مشتركة. 1P × O: مثبط كيناز 2 يعتمد على السيكلين البشري مقارنة بـ [4- (2 أمينو-4-ميثيل-ثيازول-5-يل) -بيريميدين-2-يل] - (3-نيترو-فينيل) -امين. كيناز المعتمد على السيكلين ، أو CDK ، هو نوع من البروتين الإنزيمي الموجود في الخلايا حقيقية النواة ويلعب دورًا رئيسيًا في عدد من العمليات البيولوجية في عملية التمثيل الغذائي والتجديد الخلوي ، والتي يشار إليها مجتمعة باسم دورة الخلية. يتم تصنيف العديد من كينازات البروتين أيضًا على أنها جينات وتشكل حوالي 2 في المائة من جميع الجينات البشرية. تعتمد آلية نشاط كيناز المعتمد على السيكلين على عملية الفسفرة أو إضافة مجموعات الفوسفات إلى سطح البروتين. ومع ذلك ، لكي يتم تعديل البروتين عن طريق الفسفرة ، يجب أن يشكل البروتين شكلاً معقدًا من النوع المعروف باسم cyclin. هذا هو السبب في أن هذا البروتين المتخصص يسمى كيناز المعتمد على السيكلين.

يوفر FoldX تقديرًا سريعًا وكميًا لأهمية التفاعلات التي تساهم في استقرار البروتينات ومجمعات البروتين. تم اختبار القدرة التنبؤية لـ FoldX على متحولة نقطية كبيرة جدًا (1088 متحولة) تغطي معظم البيئات الهيكلية الموجودة في البروتينات. يستخدم FoldX وصفًا ذريًا كاملًا لبنية البروتينات. تم ترجيح مصطلحات الطاقة المختلفة التي يغطيها FoldX باستخدام البيانات التجريبية من تجارب هندسة البروتين. تستخدم وظيفة الطاقة الحالية الحد الأدنى من الموارد الحسابية وبالتالي يمكن استخدامها بسهولة في خوارزميات تصميم البروتين وفي مجال بنية البروتين وتنبؤ مسارات الطي حيث تتطلب وظيفة طاقة سريعة ودقيقة.

تم إجراء عمليات محاكاة مختلفة لكل متحولة تم فحصها لتوليد طفرات مفيدة. بعد ذلك ، تم استخدام تقنيات الهندسة الوراثية لتعبير البروتين وتنقيته. تم قياس أنشطة Dehalogenase وإطلاق الهاليد بطرق مختلفة. تم قياس النشاط ومقاومة الحرارة وتحمل المذيب المشترك باستخدام طرق مختلفة. كان هناك نوعان من المسوخ اسمه H-he-C-C153N و H-he-C-H12. في هذا البناء ، لاحظنا طفرة تسمى C153N بموجات كهربائية بتيار 5Kwe متراكبة على الكود 153. إنه متحور فعال في زيادة درجة حرارة الفتح الظاهرة.

عمر أوزين

عندما تم تحليل عمليات المحاكاة وفقًا لنتائج هذه الدراسة العلمية ، تم العثور على ما مجموعه 23 طفرة نقطية مستقرة في 29 منطقة مختلفة. كانت الطفرة الأكثر فعالية هي C153N. يتسبب هذا المسخ في زيادة +13 درجة مئوية في درجة حرارة الفتح الظاهرة. عندما تم فحص التركيب البلوري للطفرة C153N ، لوحظ وجود أيون كلوريد في موقعه النشط. في هيكل H-he-C-C153N ، تم العثور على 4 مونومرات في شكل غير متماثل. الاستقرار الحراري الذي يوفره متحولة C153N يرجع إلى شبكة الروابط الهيدروجينية التي تحتوي على جزيئات مذيب منتظمة.

Günceleme: 28/08/2022 10:12

إعلانات مماثلة

كن أول من يعلق

Yorumunuz